O projeto do Mestrado Profissional em Administração Pública – PROFIAP teve seus primeiros estudos em 2009, durante o desenvolvimento do Programa Nacional de Formação em Administração Pública - PNAP, que vislumbrava a educação continuada nos níveis de graduação, especialização e mestrado na modalidade EaD. Na época a viabilidade para o desenvolvimento do curso no âmbito do PNAP foi rejeitada sendo implantado o programa apenas nos níveis de graduação e especialização.

Em 2012 o projeto do curso de mestrado ganhou fôlego, motivado pela necessidade de formação especializada em gestão pública no nível stricto sensu, voltada aos servidores públicos, mais especificamente no âmbito das universidades federais.

Promovido pela Andifes e apoiado pela CAPES o Projeto do Curso foi desenvolvido pelos Professores Dario de Oliveira Lima-Filho (UFMS), Eliane Moreira Sá de Souza (UFG), Marcos Tanure Sanabio (UFJF) e Teresa Cristina Janes Carneiro (UFES), objetivando possibilitar a formação de gestores públicos para todas as esferas governamentais, voltados a funcionários públicos já em atuação em órgãos públicos ou do terceiro setor, ou pessoas que buscam atuação no exercício da função pública.

Em 2013 o Projeto do Curso de Mestrado Profissional em Administração Pública foi recomendado pela CAPES para oferta em rede nacional, iniciando com 9 Universidades Associadas: UFAL, UFCG, UFG, UFGD, UFMS, UFS, UFV, UNIFAL e UNIR.

As atividades do Curso tiveram início em 2014, com a formação do Comitê Gestor e Comissão Acadêmica da Rede. Em Agosto/2014 foi realizado o processo seletivo da primeira turma, totalizando 212 alunos aprovados e em outubro do mesmo ano, a primeira aula Magna do PROFIAP em cada uma das universidades associadas, iniciando assim a trajetória de efetividade e relevância do PROFIAP para o aprimoramento da Administração Pública no país.

A partir do início das atividades, as definições de diretrizes básicas de gestão e aprimoramento do Curso têm sido feitas de forma coletiva e colaborativa, contando com o envolvimento das Universidades Associadas e com a experiência e dedicação de seus coordenadores de curso e corpo docente, propiciando o compartilhamento de vivências e permitindo assim, o constante refinamento e consolidação dos objetivos do Curso.